Покажу в примере как правильно в xfce4 редактирование меню пуск.
Захотелось мне в xfce4 убрать из меню пуск не нужные пункты: (образование, разработка, информация о xfce4).

xfce4-about -V
xfce4-about 4.13.4 (Xfce 4.12)

С начало я убрал пункты в самом меню.

# egrep "#" /etc/xdg/menus/xfce-applications.menu
#        <Filename>exo-mail-reader.desktop</Filename>
#    <Menu>
#        <Name>Development</Name>
#        <Directory>xfce-development.directory</Directory>
#        <Include>
#            <Category>Development</Category>
#        </Include>
#    </Menu>

В примере убраны программа по умолчанию mail, меню разработок.
И после отключил вывод пунктов не нужных.
Файлы конфигурации находятся здесь: /usr/share/applications/
Редактируем xfce4-about.desktop.
Сперва убираем параметр X-Xfce-Toplevel

до
#Categories=Utility;X-XFCE;X-Xfce-Toplevel;
после
Categories=Utility;X-XFCE;

А также просто сделал параметр пустой в libreoffice-draw.desktop

до
#Categories=Office;FlowChart;Graphics;2DGraphics;VectorGraphics;X-Red-Hat-Base;X-MandrivaLinux-Office-Drawing;
после
Categories=

На всякий случай пере логинемся и увидим отредактированное наше меню пуск.
Вот что у меня получилось.

В таком случае некоторые параметры перейдут в пункт Прочее, что бы и пункт прочее убрать из меню пуск, то также комментируем его ( Other ) в xfce-applications.menu.
Добавляем в файл /usr/share/applications/libreoffice-impress.desktop к концу.

NoDisplay=true

###
####
###
По замечанию одного из пользователей Bizdelnick, правильнее редактировать меню в своей домашней директории.
То-есть.
Создаем директорию.

$ mkdir ~/.config/menus

Копируем меню для дальнейшего редактирования.

$ cp /etc/xdg/menus/xfce-applications.menu ~/.config/menus

Копируем что мы хотим убрать из меню, редактируем у себя в директории.

$ cp /usr/share/applications/xfce4-screenshooter.desktop .local/share/applications/

Вот и все манипуляции в xfce4 редактирование меню пуск.

В xfce4 редактируем меню выход из системы.
xfce4 скрываем разделы на рабочем столе.
xfce4 прозрачный фон у иконок на рабочем столе.