Пример, как Letsencrypt удалить ненужный сертификат.
Отзываем сертификат с серверов letsenrypt.

# certbot revoke --cert-path /usr/local/etc/letsencrypt/live/мой_домен.ру/cert.pem

Удалить сертификат на нашем сервере (обычно достаточно команды на отзыв сертификата через revoke, которую указал чуть выше).

# certbot delete --cert-name мой_домен.ру

nginx ssl letsencrypt редирект на другой домен.
FreeBSD Let’s Encrypt сертификат.